Saludos @LATH2001 en teoría, no debería afectar la polaridad de los cables, debido a que el inyector internamente es una bobina y estos componentes no tienen polaridad, pero siempre es mejor dejar los cables de forma original.
Tu problema puede ser otro, desde la falta de chispa por cables o bobina, bujías dañadas o inyectores directos.
Revisa el pulso de inyección con una punta lógica LED, si utilizas la convencional puedes quemar la computadora. Si no tienes cómo probar los inyectores llévalos a que le hagan mantenimiento, no está demás verificar la resistencia de los inyectores.
Saludos.